Родился в городе Меленки Владимирской области.
В 1972 г. окончил Ленинградский механический институт. Трудовую деятельность начал младшим научным сотрудником Государственного института прикладной химии. После окончания службы в советской армии работал инженером, старшим инженером Управления Государственного комитета Совета Министров СССР по внешнеэкономическим связям, начальником отдела Физико-технического института им. А.Ф. Иоффе АН СССР.

Деятельность Владимира Якунина

В 1985-1991 гг. на дипломатической работе (второй, затем первый секретарь Постоянного представительства СССР при ООН).
Далее — председатель совета директоров АОЗТ «Международный центр делового сотрудничества», начальник Северо-Западной окружной инспекции Главного контрольного управления Президента Российской Федерации.
С октября 2000 г. заместитель Министра транспорта Российской Федерации.
С февраля 2002 г. первый заместитель Министра путей сообщения.
С октября 2003 г. первый вице-президент ОАО «Российские железные дороги».
14 июня 2005 г. назначен президентом ОАО «РЖД».
Владимир Якунин является председателем Попечительского совета Центра национальной славы и Фонда Андрея Первозванного.
Президент-основатель Мирового общественного Форума «Диалог цивилизаций».
Сопрезидент Ассоциации «Франко-российский диалог».
Научный руководитель и председатель Попечительского совета Центра проблемного анализа и государственно-управленческого проектирования при ООН РАН.
Заведующий кафедрой государственной политики факультета политологии Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова.
Председатель Попечительского совета Благотворительного фонда социальной помощи детям «Расправь крылья!».
Член Попечительского совета Фонда «Русский мир».
Член Бюро Правления Российского союза промышленников и предпринимателей.
Председатель комиссии по транспорту и транспортной инфраструктуре.
Доктор политических наук. Приглашенный профессор Стокгольмской школы экономики.
Почетный доктор Дипломатической академии МИД России.
Председатель Международного союза железных дорог (МСЖД).
Председатель Совета директоров GEFCO.
Руководитель Центра научного обоснования и реализации мегапроекта «Интегральная евразийская траспортная система» (ИСПИ РАН).

Награды Владимира Якунина
Награжден орденами Почета, «За заслуги перед Отечеством» IV ст., медалями «За боевые заслуги», «За развитие железных дорог».
Награжден орденами Русской православной церкви св. равноап. кн. Владимира II ст., прп. Серафима Саровского II ст., прп. Андрея Рублева I ст., орденом Совета муфтиев России «Аль-Фахр» I ст. За большой вклад в развитие диалога цивилизации народов и организацию всеправославной молитвы «Просите мира Иерусалиму» удостоен ордена Святого Гроба Господня (Иерусалимская православная церковь).
Награжден высшим знаком отличия Франции Орденом Почетного Легиона, Большим почетным знаком с золотой звездой за заслуги перед Австрийской Республикой, высшей наградой Республики Казахстан орденом «Достык», Орденом «За заслуги перед Итальянской Республикой» в степени Великого Офицера.
Награжден знаком «Почетный железнодорожник ОАО „Российские железные дороги“.
Награжден Международной премией Андрея Первозванного „Вера и Верность“ в 2000 году за вклад в укрепление российской государственности и активное участие в реализации проекта создания Центра национальной славы.
Награжден золотой медалью ассоциации „Ля Ренессанс Франсэз“ за вклад в развитие и укрепление российско-французских отношений.
Награжден орденом „За гражданские заслуги“ степени „Большой крест“ Королевства Испании, „Наградой за общественную работу в интересах общего блага“ британской организации GCGI (Globalization for the Common Good Initiative).
Лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники.

Женат, имеет двух сыновей.